Det er en malle under Japans øyer, og når den beveger seg gjør landet det samme. Sora har hatet fisken siden rullingen dens laget et så kraftig jordskjelv at det oppstod en rift i selveste tiden. Den ødela hjemmet hennes og tok moren hennes. Nå må Sora og forskerfaren hennes leve nærme sonen – de ville og forlatte stedene der tiden går fortere eller saktere enn normalt. Sora er sensitiv mot disse forskjellene, og faren hennes rekrutterer henne til å hjelpe ham med å utforske dem. Men det er farlig der – og mens hun vandrer lengre inn i sonen på leting etter moren sin, finner hun områder med forvrengt tid, ødelagte minner, skygger og glimt av vesener som ikke er helt menneskelige. Etter at Soras far forsvinner, har hun ikke noe annet valg enn å gå inn i de ukjente territoriene i sonen for å finne ham, moren hennes og kanskje til og med mallen som ødela livet hennes.
