I "Heksenes tid" følger den svenske forfatteren Jan Guillou sporet fra heksenes bål frem til våre dagers påståtte satanistiske masseofringer. På 1600-tallet ble mer enn 1000 nordiske kvinner brent på bål som hekser. De var uskyldige, men fikk dødsdommer som hadde støtte i det gamle testamentets lover, som ble innført i begynnelsen av det 17. århundret. Et stort antall mennesker bekjente dermed forbrytelser de ikke var skyldige i og ble så henrettet. Serien forteller hvordan historien om en tilsynelatende ubetydelig hendelse utløste et av de mørkeste kapitlene i nordisk historie - heksejakten. Vi hører hvordan panikken omkring trolldom og hekseri spredte seg gjennom Sverige, hvilken rolle kirken spilte, om menneskene som ble tiltalt for hekseri, samt hva som gjorde at folk begynte å sette spørsmålstegn ved det som skjedde i kristendommens navn.